mercoledì 4 marzo 2015

Stromboli 3D

Applicazione di quanto visto in questo post a dati ripresi dall'alto

Ho ripreso delle foto che mi sono state passate circa 7 anni fa da un amico riguardanti il vulcano Stromboli scattate da un elicottero con una panoramica sulla Sciara del Fuoco



Il modello di Google Earth con il modello digitale del terreno e una immagine ottica ad alta risoluzione


Le fotografie sono state elaborate con Agisoft Photoscan. E' molto evidente il gradino morfologico sulla sinistra della Sciara ed alcuni strutture delle strutture piu' piccole







giovedì 26 febbraio 2015

Da Kinect a Stampante 3D per paleontologia

Grazie ad un amico sono riuscito ad utilizzare una stampante a 3D.
Lo scopo era quello di, partendo da un fossile, effettuare una scansione 3D con Kinect e poi ottenere nuovamente un modello fisico mediante la stampante 3D

Kinect non e' molto adatto a questo scopo perche' ha un precisione sull'asse verticale di 1 mm e non per modelli piccoli si perde molta risoluzione



Inoltre, dato che la plastica per la stampa 3D e' costosa, mi e' stato concessa una prova su un modello molto ridotto ed alla risoluzione peggiore
La stampa e' durata una 40 (video in tempo estremamente accelerato)



Fotogrammetria da terra per geologia

Visti i due precedenti post (1 e 2) ho voluto provare a mettere alla prova il sistema su un problema geologico

Vicino a casa esiste questa vecchia cava di Macigno (o Pietra Serena)


il problema che mi sono posto e' stato quello di misurare l'orientazione dei due piani che emergono dal fronte di cava soltanto con l'utilizzo delle fotografie
Nella foto sottostante sono individuati i due angoli diedri da misurare (probabilmente si tratta di faglie)
L'area si trova all'interno di una proprieta' privata e comunque il fronte di cava non e' raggiungibile per una misura diretta





Mediante l'utilizzo di un comune telefono cellulare (Moto G) ho scattato una decina di foto dell'affioramento da una distanza calcolato mediante Carta Tecnica Regionale di circa 100 m
Sempre dalla stessa fonte si puo' calcolare (un po' grossolanamente ma la precisione non e' fondamentale) che la cava e' orientata lungo la direzione 60-240° di azimuth


Mediante VisualFSM sono riuscito a calcolare in modo non supervisionato la nuvola dei punti 



e tramite una opportuna rotazione si puo' stimare che l'angolo tra la superficie di faglia e il piano di cava e' di circa 30°. A questo punto si puo' stimare che l'orientazione del piano incognito e' di circa 30-210°

La stessa elaborazione puo' essere fatta , con risultato graficamente piu' gradevoli, anche con AGI Soft Photoscan


mercoledì 25 febbraio 2015

ISCSI con FreeNas e Debian


In questo post viene descritto come utilizzare ISCSI con Debian. Per fare cio' e' necessario avere un NAS che offra servizi ISCSI
Per semplicita' ho usato Virtualbox configurando una macchina virtuale con un disco di sistema su cui sara' installato FreeNas ed un disco che sara' condiviso mediante ISCI


L'isntallazione di FreeNas e' banale (ricordarsi di selezionare il primo disco come quello di sistema). Una volta riavviato il sistema viene mostrato l'indirizzo IP a cui far puntare il browser per l'amministrazione web. Il superutente e' root e la password e' quella che e' stata impostata in fase di installazione




La prima cosa da fare e' andare su Storage/Volumes ed importare il volume che corrisponde al disco secondario su /dev/sdb impostando anche un nome (nel caso t1)

Si va poi in Services/ISCSI/Portal/Add Portal settando un nome (lasciare la porta 3260 di default)



Si va poi in Services/ISCSI/Initiatiors e si imposta l'accesso a ALL (nella terminologia ISCSI initiators sono i client mentre i target sono i dischi di rete)

Si clicca quindi Services/ISCSI/Extents e si aggiunga una extent

E' il momento di impostare un target con Service/ISCSI/Targets/Add Target settando il portal group ed initiatori group

Infine si associa il target all'extent con Services/ISCSI/Associated Targets
Si avvia il servizio con Services/Control Services

Questa procedura e' descritta anche qui

Passando al lato client (che si trova nella stesssa sottorete) si deve prima installare il pacchetto open-iscsi

apt-get install open-iscsi


si effettua quindi la ricerca del servizio ISCSI sull'ip di Freenas


iscsiadm -m discovery -t st -p 192.168.43.104

iscsiadm -m node

iscsiadm -m node --taargetname "iqn.2011-03.org.example.istgit:dati" --portal "192.168.43.104:3260" --login


fatto cio' con il comando fdisk -l si vede comparire il device


che pero' non ha un filesytem
Si procede quindi con

fdisk /dev/sdb

creando una nuova partizione primaria e poi formattandolo e montandolo come un qualsiasi dispositivo

mkfs.ext4 /dev/sdb1

mount /dev/sdb1 /mnt








CloudPoint da fotogrammetria con AgiSoft Photoscan

Usando gli stessi dati del post precedente ho provato un software commerciale (Agisoft Photoscan) che ricrea modelli 3D da normali foto. Ogni commento mi sembra superfluo (vedi video)



CloudPoint da fotogrammetria

Mentre stavamo parlando dell'uso di Kinect per realizzare modelli 3D un amico mi ha parlato di fare la stessa cosa usando una comune macchina fotografica e la fotogrammetria. Di istinto ero un po' scettico ma ho comunque voluto dare un'occhiata a cosa trovavo su Internet

La mia attenzione e' stata catturata da VisualFSM un programma opensource che funziona su Windows, Mac e Linux (per gli ultimi si deve partire dai sorgenti mentre per Windows si puo' scaricare il compilato direttamente da qui o qui
Per semplicita' ho provato la versione Windows ATTENZIONE: per funzionare il programma ha bisogno delle librerie di CMVS che non sono comprese nel pacchetto (si devono scaricare i compilati da questo link  e porre i file cmvs.exe, genOption.exe e pmvs2.exe nel path di Windows ..io non per fare prima li ho messi direttamente in c:\windows\) ed i file ed i programmi devono essere messi all'interno di directory con nomi privi di caratteri speciali...C:\Documents and Settings\ non va bene)

Detto cio' ho fatto una decina di foto a questo edificio da diverse angolazioni


Le operazioni con VisualFSM sono molto semplici

1) Prima si importano le foto da File/Open Multi Image
2) Si effettua il confronto a coppie delle immagini con SfM/Pariwise Matching/Compute Missing Matching
3) SfM/Reconstruct Sparse
4) SfM/Reconstruct Dense (viene chiesto dove salvare un file .nvm



come si osserva non si fornisce nessuna informazioni geometrica
Dopo un po' di calcoli e se le immagini sono sufficienti per la ricostruzione viene creati una serie di file che saranno poi gestiti mediante Meshlab (per riferimento si vada a questo link)3

Questa e' la ricostruzione. La nuvola dei punti non e' molto densa ma per essere il primo tentativo non e' male (si veda per confronto la prima foto)


Ruotando l'immagine si osserva che l'angolo dell'edificio e' stato ricostruito in modo corretto con un angolo molto prossimo ai 90°



Un aspetto interessante e' che questo approccio puo' essere utilizzato anche con immagini riprese da droni

martedì 24 febbraio 2015

LVM su Linux


In questo post viene indicata la procedura per creare un volume LVM (ovvero un metodo per gestire in modo piu' flessibile le partizioni e per poter aggiungere spazio a volumi senza essere limitati dalla dimensione fisica dei dischi rigidi)

Per questa prova, per semplicita', e' stata usata Ubuntu virtualizzata su Virtualbox aggiungendo due dischi fissi (oltre a quello dove e' installato il sistema) da configurare come LVM



Per prima cosa devono essere installati i seguenti pacchetti per la gestione di LVM

apt-get install lvm2 dmsetup mdadm reiserfsprogs xfsprogs
---------------------------------------------------------------------
root@luca-VirtualBox:/home/luca# fdisk -l

Disk /dev/sda: 22.0 GB, 22011707392 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 2676 cylinders, total 42991616 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x0007fa80

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sda1   *        2048    34603007    17300480   83  Linux
/dev/sda2        34605054    42989567     4192257    5  Extended
/dev/sda5        34605056    42989567     4192256   82  Linux swap / Solaris

Disk /dev/sdb: 2147 MB, 2147483648 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 261 cylinders, total 4194304 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

Disk /dev/sdb doesn't contain a valid partition table

Disk /dev/sdc: 2147 MB, 2147483648 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 261 cylinders, total 4194304 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

Disk /dev/sdc doesn't contain a valid partition table
---------------------------------------------------------------------
Il primo passo e' creare una partizione in  in /dev/sdb con
fdisk /dev/sdb

creando una partizione primaria (tasti n/p/1) e cambiando il formato in Linux LVM (tasti t e parametro 8e). Per confermare ed uscire tasto w
Verra' creato un device in /dev/sdb1 e si puo' procedere a configurare LVM. Lo schema e' il seguente


Ripreso da https://www.howtoforge.com/linux_lvm
Si vede come il volumi fisici sono svincolati dalla configurazione logica della struttura dati
Nel caso in esame verra' creato un solo gruppo fileserver ed un solo volume logico backup

Si procede a creare il volume fisico ed il gruppo "fileserver"

root@luca-VirtualBox:/home/luca# pvcreate /dev/sdb1
  Physical volume "/dev/sdb1" successfully created
root@luca-VirtualBox:/home/luca# vgcreate fileserver /dev/sdb1
  Volume group "fileserver" successfully created

si crea quindi il volume logico backup dentro filesever e si impone una dimensione di 1 Giga
root@luca-VirtualBox:/home/luca# lvcreate -L 1G -n backup fileserver
  Logical volume "backup" created

 si deve poi formattare il nuovo dispositivo

root@luca-VirtualBox:/home/luca# mkfs.ext4 /dev/fileserver/backup 
mke2fs 1.42.9 (4-Feb-2014)
Etichetta del filesystem=
OS type: Linux
Dimensione blocco=4096 (log=2)
Dimensione frammento=4096 (log=2)
Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks
65536 inodes, 262144 blocks
13107 blocks (5.00%) reserved for the super user
Primo blocco dati=0
Maximum filesystem blocks=268435456
8 gruppi di blocchi
32768 blocchi per gruppo, 32768 frammenti per gruppo
8192 inode per gruppo
Backup del superblocco salvati nei blocchi: 
        32768, 98304, 163840, 229376

Allocating group tables: fatto                           
Scrittura delle tavole degli inode: fatto                           
Creating journal (8192 blocks): fatto
Scrittura delle informazioni dei superblocchi e dell'accounting del filesystem: fatto

e si monta il filesystem
root@luca-VirtualBox:/home/luca# mkdir /media/lvm
root@luca-VirtualBox:/home/luca# mount /dev/fileserver/backup /media/ lvm/  

mediante df si vede la nuova situazione dei dischi con il disco lvm mappato
root@luca-VirtualBox:/home/luca# df
Filesystem                    1K-blocks    Used Available Use% Mounted on
/dev/sda1                      16897884 7767344   8249132  49% /
none                                  4       0         4   0% /sys/fs/cgroup
udev                            2013212       4   2013208   1% /dev
tmpfs                            404804     956    403848   1% /run
none                               5120       0      5120   0% /run/lock
none                            2024004     152   2023852   1% /run/shm
none                             102400      20    102380   1% /run/user
/dev/mapper/fileserver-backup    999320    1284    929224   1% /media/lvm

Fino a quindi niente di eccezionale. Con il sistema precedente creiamo una partizione primaria in formato LVM anche su /dev/sdc

Disk identifier: 0x0007fa80

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sda1   *        2048    34603007    17300480   83  Linux
/dev/sda2        34605054    42989567     4192257    5  Extended
/dev/sda5        34605056    42989567     4192256   82  Linux swap / Solaris

Disk /dev/sdb: 2147 MB, 2147483648 bytes
22 heads, 16 sectors/track, 11915 cylinders, total 4194304 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0xb4504b1b

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sdb1              63     4194303     2097120+  8e  Linux LVM

Disk /dev/sdc: 2147 MB, 2147483648 bytes
22 heads, 16 sectors/track, 11915 cylinders, total 4194304 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x70badccc

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sdc1            2048     4194303     2096128   8e  Linux LVM

Si deve poi aggiungere il disco sdc al gruppo fileserver
root@luca-VirtualBox:/home/luca# vgextend fileserver /dev/sdc1 
  No physical volume label read from /dev/sdc1
  Physical volume "/dev/sdc1" successfully created
  Volume group "fileserver" successfully extended

e si ridimensiona il volume logico da 1 a 2G
root@luca-VirtualBox:/home/luca# lvextend -L2G /dev/fileserver/backup 
  Extending logical volume backup to 2,00 GiB
  Logical volume backup successfully resized

e si estende il file system
root@luca-VirtualBox:/home/luca# resize2fs /dev/fileserver/backup
resize2fs 1.42.9 (4-Feb-2014)
Filesystem at /dev/fileserver/backup is mounted on /media/lvm; on-line resizing required
old_desc_blocks = 1, new_desc_blocks = 1
The filesystem on /dev/fileserver/backup is now 524288 blocks long.

abbiamo terminato. Adesso tramite il comando df si vede che il disco LVM ha aumentato le proprie dimensioni

root@luca-VirtualBox:/home/luca# df
Filesystem                    1K-blocks    Used Available Use% Mounted on
/dev/sda1                      16897884 7667928   8348548  48% /
none                                  4       0         4   0% /sys/fs/cgroup
udev                            2013212       4   2013208   1% /dev
tmpfs                            404804     960    403844   1% /run
none                               5120       0      5120   0% /run/lock
none                            2024004     152   2023852   1% /run/shm
none                             102400      20    102380   1% /run/user
/dev/mapper/fileserver-backup   2031440    1536   1919152   1% /media/lvm